Voici les unités existantes à bord du Prothéus.
Elles sont chacune dirigées par un commandant (qui est joué par un joueur) et possèdent un vaisseau d'envergure moyenne portant leur nom :

-Terra Nova :
L'unité Terra Nova possède un vaisseau du même nom qui est très souvent stationné à bord du Prothéus, attendant la découverte d'une nouvelle planète. C'est une unité composée principalement de scientifiques et géologues. Ils visent principalement la conquête pacifiste de nouvelles planètes inhabitées et l'exploitation des ressources. Ils sont souvent opposés aux méthodes agressives des autres unités. Ils possèdent un transporteur, quelques chasseurs et plusieurs sondes, robots, méchas et machines optimisés pour le forage et l'étude de l'environnement d'une planète
-Hadès :
L'unité Hadès possède un vaisseau du même nom qui est rarement stationné à bord du Prothéus, et souvent à l'affut de la découverte de nouvelles planètes si possible habitées. C'est une unité de vaillants soldats, prêts à se battre à chaque occasion. Leur esprit de compétition est très affirmé, même vis à vis des autres unités et au sein de la leur.
C'est souvent cette unité qui est la première à livrer bataille. Le vaisseau Hadès a un armement très développé et possède principalement des chasseurs et des méchas de combats.
-Astréa :
L'unité Astréa possède un vaisseau du même nom qui est souvent stationné à bord du Prothéus. C'est une unité composé d'érudits, de scientifiques et de savants qui pensent que pour conquérir une planète, il faut surtout apprivoiser les êtres qui l'habitent, avec douceur ou force. Comme toutes les autres unités ils sont aussi aptes au combat. Leur matériel de communication et d'étude de matières vivantes est très développé. Ils sont fascinés par l'étude des espèces et des différentes formes de vie qui peuvent exister. Lorsqu'une planète est découverte, ils s'y rendent pour étudier les créatures ou habitants qui s'y trouvent, tenter de rentrer en contact avec eux si possible, et éventuellement ramener des spécimens pour les analyser ou les disséquer. Ils ont aussi une équipe spécialisée en médecine et en chirurgie, c'est pour cela que l'unité Astréa est aussi souvent appelée pour soigner et secourir éventuels blessés. Ils possèdent un transporteur, des machines médicales, des méchas et chasseurs optimisés pour faire diverses captures.
-Artémis
L'unité Artémis possède un vaisseau du même nom qui est rarement stationné à bord du Prothéus. C'est une unité spécialisée dans la défense, et composée de courageux défenseurs qui n'hésitent pas à sacrifier leur vie pour sauver celle des autres. Elle protège le Prothéus en cas d'éventuelle attaque et assure la sécurité des autres vaisseaux en cas de conquête d'une nouvelle planète. Cette unité est donc souvent en stationnement à coté du Prothéus ou en déplacement à coté d'un autre vaisseau. Le vaisseau Artémis possède un immense bouclier susceptible de résister à de fortes attaques, ainsi que des chasseurs et méchas protecteur .